Es importante aclarar que se usan agujas nuevas y estériles por cada paciente. Al finalizar la sesión, se descartan en un tarro rojo especial, llamado guardián, que es luego recogido por una empresa de residuos biológicos para, posteriormente, ser incinerados. No se reutilizan agujas, ni se comparten entre pacientes. Por lo tanto, el riesgo de infección o transmisión de enfermedades a través de las agujas es casi nulo. Con la acupuntura, muy rara vez se presentan complicaciones o molestias (aproximadamente un solo evento molesto entre 200 pacientes). Las posibles molestias son las siguientes: dolor transitorio residual, leve sangrado ocasional, equimosis o morado, somnolencia posterior a la sesión, agravamiento ocasional de los síntomas, atrapamiento momentáneo de aguja; reacciones generales como leves mareos, desmayo momentáneo, cabeza pesada, que pueden durar unos minutos.